xtrabackupからファイルを復元するとき、ネットの記事とかPerconaの記事とかを見ると--copy-backを目にすることが多いんだけど、コピーするほどのディスク領域などない…！という場合には--move-backを使えばいい。
innobackupex --move-back /path/to/BACKUP-DIR
これならファイルの移動をするだけなので、バックアップファイルの展開ぶんと復元後のデータ領域とで重複してディスクを消費することがなくなる。
なお上記コマンドを実行したあとも展開した場所には中間ファイル？が残るので、それらは削除しても問題ない。
rm -rf /path/to/BACKUP-DIR
備考
調べてる過程で古いバージョンだとログファイルが移動されないという不具合があったような記述を見かけたけど、今回使用した2.3.6では発生しなかった。
