OS X 10.11 El Capitanでnokogiriをインストールする

$ brew install libxml2 libxslt libiconv
$ gem install nokogiri -- --use-system-libraries

bundlerでインストールするときのためにも設定しておく。

$ bundle config build.nokogiri --use-system-libraries

なお前提として、公式サイトのインストール方法の"Other OS X tips"にあるように

• rubyが最新のclangでビルドされていてgccでの依存に無い状態で
• gemのネイティブ拡張もおなじようにclangでコンパイルされるようになっている

ことが必要になる模様。

なのでアップグレードしてrbenvの環境をそのまま引き継いだ場合などでコンパイラがgccだったりする場合は、export CC=clangなどしてrubyをビルドしなおしてからnokogiriのインストールに入れば良いのだと思う。